Nguyễn Huỳnh sinh năm 1967, ở Bến Tre. Nguyễn Huỳnh sinh ra trong một gia đình có đông anh chị em. Ngay từ thời chưa ai biết đến, anh đã sở hữu ngoại hình nổi bật cùng niềm đam mê nghệ thuật.
Có thời gian, Nguyễn Huỳnh theo học tại trường Sân khấu điện ảnh TP.HCM và cùng khóa với Diễm Hương, Ngọc Hiệp, Lê Tuấn Anh...
Khi gia nhập làng giải trí để hoạt động diễn xuất chuyên nghiệp, anh nhanh chóng trở thành hiện tượng điện ảnh của thập niên 90 khi tham gia loạt phim như: Bến bờ khát vọng, Chuyến tàu hoàng hôn, Sóng gió đời người...
Và dấu ấn lớn nhất trong sự nghiệp của Nguyễn Huỳnh phải kể đến việc anh góp mặt trong bộ phim đình đám "Giã từ dĩ vãng" của đạo diễn Đinh Đức Liêm.
Trong phim, nam nghệ sĩ 6x đảm nhận vai nhà văn hiền lành tên Trường. Nhân vật này vướng vào mối tình phức tạp, sóng gió với Mỹ - cô gái ngây thơ, đáng yêu nhưng vì giấc mơ đổi đời đã chấp nhận đánh đổi mọi thứ. Bắt cặp với Nguyễn Huỳnh chính là diễn viên Trương Ngọc Ánh.
Cả hai diễn xuất ăn ý và nhận được nhiều lời khen ngợi của cả giới chuyên môn lẫn khán giả. Một thời, tên tuổi của Nguyễn Huỳnh không thua kém các đồng nghiệp như: Lý Hùng, Lê Công Tuấn Anh...
Tuy nhiên trong thời kì đỉnh cao của sự nghiệp, anh không may vướng vào con đường nghiện ngập.
Khoảng năm 2000, Nguyễn Huỳnh dính vào ma túy sau một lần ra Hà Nội và đi ăn nhậu với khán giả hâm mộ. Sa đà vào tệ nạn, công việc của anh cũng bị ảnh hưởng rất nhiều. Từ một diễn viên sáng giá, Nguyễn Huỳnh rơi vào cảnh tiền cát-xê không đủ để phục vụ cho việc hút chích.
Dần dần hào quang của showbiz Việt cũng rời xa anh. Khi nhận được sự động viên của người thân, bạn bè, Nguyễn Huỳnh quyết tâm đi cai nghiện.
Trong những năm tháng cải tạo, anh vẫn thể hiện sự tài năng đáng nể phục khi tự viết nhiều kịch bản phim và có cả những vở kịch ngắn về đề tài ma túy.
Ngoài viết lách, anh còn tích cực tham gia vào đội văn nghệ của trại cai nghiện. Sau hơn 5 năm vắng bóng, Nguyễn Huỳnh tái hòa nhập cộng đồng.
Đồng nghiệp cũ cũng tạo điều kiện và hỗ trợ để anh đóng phim trở lại với các dự án như: Nhịp đập trái tim, Chuyện tình yêu, Bông hồng trà...
Ấp ủ thực hiện vở kịch đề tài tệ nạn xã hội "Mảnh vá cuộc đời" do chính mình viết kịch bản kiêm đóng vai chính nhưng Nguyễn Huỳnh lại tái nghiện và phải trở lại trung tâm cải tạo.
Vào những năm tháng sau này, sức khỏe của anh dần suy yếu. Tháng 05/2009, Nguyễn Huỳnh đột ngột qua đời do bị tai biến mạch máu não, hưởng dương 42 tuổi.
Trước khi mất, nhiều thông tin cho biết anh bị một cú ngã khá mạnh ở ngay trong trại giam. Ngay sau khi nghe tin buồn, những người từng làm việc với Nguyễn Huỳnh không giấu được sự xót xa cho người nghệ sĩ tài năng xuất chúng nhưng bạc mệnh.
Tang lễ của anh được cử hành trang trọng ngay sau đó và Trương Ngọc Ánh, Quyền Linh, đạo diễn Nguyễn Phương Điền... cũng đã có mặt để tiễn biệt anh lần cuối.
Sau 12 năm, giới nghệ sĩ vẫn nhắc nhớ đến Nguyễn Huỳnh bởi sự tài năng, yêu nghề nhưng cuộc đời lại đầy gian truân, nghiệt ngã.